l_tmpdate[1]=((l_tmpdate[1]+1)/16)*10 + ((l_tmpdate[1]+1)%16);   //分加1
    if(l_tmpdate[1]>59)    l_tmpdate[1]=0;                   //判断
第一行把10进制的l_tmpdate[1]+1后，转成16进制格式数据，结果第二行中又和10进制数据比较，你确定要这么做？对于10进制的60，在你的第一行处理中将变成30+12，变成了十进制的42了，然后去和10进制的59比，结论肯定是错的，与你想要的到59分后再加1变成0的结果是不一致的。要么改成if(l_tmpdate[1]>41)，要么第一行不要做转换处理，改成l_tmpdate[1]++；

另外：l_tmpdate[1]=((l_tmpdate[1]+1)/16)*10 + ((l_tmpdate[1]+1)%16);   //分加1
这样的处理不好，转换成机器码的时候，会多出许多代码。
//加处理
l_tmpdate[1]++；
if(l_tmpdate[1]>59)    l_tmpdate[1]=0;                   //判断

减处理：
if (l_tmpdate[1]==0)  
    l_tmpdate[1]=59；
else
    l_tmpdate[1]--；
这是不是和你想要的是一样的结果？
数据在写入DS1302的时候，再转换为16进制数据即可。之前的判断用十进制的处理就行。