楼主，你的波怎么出来的，你没有设置这两路的占空比吧
我用了你的代码，并在while中加了两句       
TIM_SetCompare3(TIM3,270);
TIM_SetCompare4(TIM3,270);
用示波器看过了两路都有波。
要不你再while中也加上这两句，如果PC9还没波，而且你还没有在别的地方用过这个引脚，那就是你的这个引脚坏了

复用并不是外设引脚随便配置，而指的是一个引脚有多个外设公用，但是任何一个时刻只能有一个外设使用它。你是不是还有别的地方用到了

查一下手册，看看PWM允许从哪些端口输出。